論文著作　

• 2009《人骨考古学による台湾鉄器時代社会構造の研究》，日本九州大學博士論文 (PhD dissertation, Kyushu University, Japan
  An Osteo-Archaeological Study of the Social Organization of Iron Age Taiwan).
• 2004《宜蘭縣礁溪鄉淇武蘭遺址出土墓葬研究-埋葬行為與文化變遷的觀察》，國立台灣大學人類學研究所碩士論文 (MA dissertation, National Taiwan University, Taiwan
  Investigations of Mortuary Behaviors and Cultural Change of the Kivulan Site in I-Lan Country, Taiwan).

• 2020 Ancient DNA indicates human population shifts and admixture in northern and southern China. Submitting to Nature. ( Melinda A. Yang, Xuechun Fan, Bo Sun, Chungyu Chen, Jianfeng Lang, Zhenhua Zang, Hunglin Chiu, Tianyi Wang, Qingchuan Bao, Mateja Hajdinjak, Albert Ko, Manyu Ding, Peng Cao, Ruowei Yang, Feng Liu, Birgit Nickel, Qingyan Dai, Xiaotian Feng1, Lizhao Zhang, Chengkai Sun, Wen Zeng, Yongsheng Zhao, Xing Gao, Ying-Chin Ko, Janet Kelso, Yinqiu Cui, David Reich, Mark Stoneking, Svante Pääbo, Qiaomei Fu )

• 2018 Continuity or Disruption of Taiwan Prehistory: A Perspective from Burial Behaviors of Southwestern Plain of Taiwan. The 3^rd world congress of Taiwan studies. Session6: Taiwan and the world from archaeological perspectives. Submitting.

• 2016〈左鎮人再研究與臺灣舊石器時代的新觀察〉，《臺灣博物季刊》132，第35卷第4期，12-25頁。國立臺灣博物館發行。

• 2015〈臺灣鐵器時代蔦松文化的人群移動與社會組織鍶同位素分析法之應用研究〉，《臺灣博物館學刊》，第68卷第4期23-52頁。

• 2015〈臺灣人骨考古學研究新案例：臺南市水交社清代墓葬群之埋葬習俗與病理觀察〉，《田野考古》，通過審查刊印中。（邱鴻霖、盧泰康、李匡悌共著）

• 2014〈從考古學的角度看3D掃描與逆向輸出在出土墓葬與人骨的應用─以亮島人為例〉，《文化資產保存學刊》第30期83-110頁。文化部文化資產局。
• 2014 Early Austronesians: Into and Out Of Taiwan. (Albert Min-Shan Ko, Chung-Yu Chen, Qiaomei Fu, Frederick Delfin, Mingkun Li, Hung-Lin Chiu, Mark Stoneking, Ying-Chin Ko ) American Journal of Human Genetics, Volume 94(3), Pp. 426-436.
• 2013 Study of P, Ca, Sr, Ba and Pb Levels in Enamel and Dentine of Human Third Molars for Environmental and Archaeological Research. (Hwa-Yen Liu, Jiunn-Hsing Chao, Hung-Lin Chiu, Y. C. Sun) Advances in Anthropology3(2):71-77.
• 2011〈台灣史前時代拔齒習俗的社會意義研究─以鐵器時代蔦松文化石橋遺址為例〉，《考古人類學刊》第73期，第1-60頁。
• 2010《台南市水交社出土清代人骨》，台灣考古工作會報論文集，會議論文(投稿中)。
• 2010〈台湾先史時代の穿孔下顎骨と首狩り行為について〉，日本考古學雜誌，投稿中。
• 2008〈大辛庄商代墓地─透過齒冠測量值的親屬關係分析〉、《海岱地區早期農業和人類學研究》page 221-234，北京：科學出版社。(田中良之、方輝、舟橋京子共著)
• 2008〈台灣史前時代拔齒習俗的社會意義研究〉，2007年度環台灣地區考古學國際研討會暨台灣考古工作會報文集pageV-D-1～34，國立台灣大學文學院 (會議論文)。
• 2006〈考古學的墓葬研究─墓葬現象的表徵與文化屬性〉，《田野考古》第十卷第二期，page1-30。

• 2020《古笨港的調查與歷史考古學研究》，雲林縣政府文化局出版，專書編輯印刷中。（盧泰康、邱鴻霖）

• 2020〈從文化資產的視角探討古代人類遺骸之法律及倫理規範〉，《文化資產與物質文化研究-回應與挑戰》逢甲大學出版，專書編輯印刷中。（邱鴻霖、陳叔倬）。

• 2017《遇見骨早人》，考古教育系列之一，新北市立十三行博物館出版。ISBN：978-986-05-4990-4（精裝）（邱鴻霖、鄭雅勻、謝明宏）

• 2016〈台湾先史時代の穿孔下顎骨と首狩り行為〉，《考古学は科学か？田中良之教授紀念論文集》、田中良之教授紀念論文集編集委員会，日本福岡市。
• 2016《左鎮人再研究》，國立臺灣博物館出版。ISBN：978-986-04-7919-5（精裝）（邱鴻霖、陳有貝）
• 2013《馬祖亮島人島尾遺址群發掘及『亮島人』修復計畫》。連江縣政府出版。ISBN：978-986-03-7885-6（精裝）（陳仲玉、邱鴻霖）

•  2008〈大辛庄商代墓地─透過齒冠測量值的親屬關係分析〉、《海岱地區早期農業和人類學研究》pp221-234，北京：科學出版社。（田中良之、方輝、舟橋京子共著）

• 2020 〈臺灣原住民族人骨收藏研究簡史〉，「臺灣史前文化與原住民人文生態學術研討會」論文集，中央研究院歷史語言研究所、臺灣農村社會文化調查計畫。（陳叔倬、邱鴻霖）。

• 2018〈科技、藝術與倫理：談考古學顏面復原技術的應用〉「2018文物・藝術・科技——古代藝術與現代科技學術論壇暨」論文集。台南藝術大學藝術史學系主辦。佛光山佛陀紀念館。（邵慶旺、邱鴻霖）

• 2017〈從殷墟頭骨的口腔病理看社群的飲食與健康〉，2016年度台灣考古工作會報，台中國立自然科學博物館。（鄭雅勻、邱鴻霖、李匡悌）

• 2017〈新竹雞卵面義塚人骨遺留的法醫人類學觀察〉，2016年度台灣考古工作會報，台中國立自然科學博物館。（邊鈺皓、邱鴻霖、李匡悌）

• 2015 A new perspective to the earliest human fossil “Zuozhen Man” found in Tainan, Taiwan. 6th East Asia Accelerator Mass Spectrometry Symposium Department of Geosciences, NTU, Taiwan October 05-08, 2015.(Hung-Lin Chiu, Yu-Pei Chen, Chen-Feng You)。已收入專書。
• 2015〈史前時代的社會組織與人群移動研究：鍶同位素分析法與齒冠形態測量學之交叉驗證〉，臺灣人類學與民族學學會（TSAE）暨東亞人類學學會（EAAA）2015年聯合年會，10/03-04國立政治大學。已投稿期刊。
• 2015 A Study on Generic Representation of Human Skeletal Remains Replication of Prehistoric Burial, The 25th CIPA International Symposium. (Ching-Wan Shao, Hung-Lin Chiu , Shun-Kong Chang )。
• 2014〈墓葬的發掘記錄與典藏工作〉，考古遺址出土遺物管理實務工作坊，文化部文化資產局主辦，國立台灣史前文化博物館承辦。
• 2014〈馬祖亮島島尾P遺址試掘與調查成果報告〉，2013年台灣考古工作會報會議論文集(與陳仲玉合著)，國立台灣大學文學院。
• 2013〈教科書中的台灣考古：左鎮人〉，「臺灣人類學與民族學學會2013年會暨國科會研究成果發表」(無論文集)，交通大學客家文化學院。
• 2013〈從考古學的角度看3D掃描與逆向輸出在出土墓葬與人骨的應用─以亮島人為例〉，「文物複製技術運用研討會」會議論文集，國立臺灣博物館土銀展示館。
• 2013〈馬祖亮島島尾I遺址出土人骨研究〉，「金關丈夫文庫贈藏紀念展暨跨領域的南方考古學國際研討會」，會議論文集(與陳仲玉合著)，台灣大學總圖書館。
• 2012〈台灣新石器時代古人口學初探：以台南大湖文化烏山頭期的兩個遺址為例〉2012年台灣人類學與民族學會年會：「區域研究＠臺灣人類學」。中央研究院民族學研究所，台北南港。
• 2012〈馬祖亮島島尾遺址群的發現與「亮島人」出土〉。2011-2012年台灣考古工作會報會議論文集(與陳仲玉、邱鴻霖、潘建國、游桂香、尹意智、林芳儀合著)，國立暨南大學。
• 2012〈古笨港遺址的歷史考古學研究〉， 2011-2012年台灣考古工作會報會議論文集(與盧泰康合著)，國立暨南國際大學。
• 2012〈從體質人類學的角度考察清代台灣先民 (漢人)的健康狀況〉。「木乃伊柯象的物質文化研究」學術研討會，國立台灣博物館。
• 2011《淇武蘭遺址墓葬人骨的研究意義與展望》，探溯淇武蘭－「宜蘭研究」第九屆學術研討會論文集，蘭陽博物館。
• 2010《台南市水交社出土清代人骨》，2009年度台灣考古工作會報會議論文集(與盧泰康、李匡悌合著)。
• 2010〈南關里東遺址出土人骨研究初步報告〉，台灣考古工作會報，會議論文集(與陳淑倬、臧振華、李匡悌、朱正宜合著)。
• 2009〈從人骨考古學看台灣鐵器時代蔦松文化的社會組織〉，「人類學與人群的遷徙與重構—國立臺灣大學人類學系慶祝成立60週年國際會議」，會議論文集。台灣大學人類學系主辦。
• 2008〈台灣史前時代拔齒習俗的社會意義研究〉，2007年度環台灣地區考古學國際研討會曁台灣考古工作會報文集pageV-D-1～34，國立台灣大學文學院。

• 2019《澎湖龍門A-01風力發電機組遷移工程考古試掘評估計畫發掘報告》，台灣電力公司、中興電工、仲怡建築師事務所委託國立清華大學執行

• 2019《臺中市南屯區豐功段252.253.255地號新建工程H702B考古監看報告》，遠雄建設事業股份有限公司委託國立清華大學執行。

• 2018《鵝鑾鼻第一遺址出土墓葬緊急搶救發掘》，內政部營建署墾丁國家公園管理處委託國立清華大學執行。

• 2018《考古遺址考古遺址發掘人類古代遺骸之處置原則、程序及倫理規範》，文化部委託國立清華大學執行。（邱鴻霖、陳叔倬）

• 2017《國定八仙洞遺址靈岩洞、觀音洞清理復原與考古探勘計畫》，臺東縣政府委託國立清華大學執行。（臧振華、邱鴻霖）

• 2017《臺南市籬仔尾暨籬仔尾東遺址出土人骨及文物整飭計畫》，臺南市政府委託國立清華大學執行。（邱鴻霖、陳維鈞）

• 2017《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫（第四階段第一年）》，中央研究院歷史語言研究所。科技部補助專題研究計畫。（臧振華、李匡悌、邱鴻霖）

• 2016《花蓮縣吉安鄉七腳川遺址（福吉段 925、927、929、1022地號）考古試掘計畫》，吉安鄉農會委託國立清華大學執行。

• 2016《植物園遺址出土墓葬T53-T54-P32-M1報告》，大陸工程顧問公司委託中央研究院。

• 2016《花蓮市國富十六街出土史前人骨整飭委託案》，花蓮縣政府委託國立清華大學執行。

• 2016《澎湖龍門、講美及大赤崁風力發電機組新建工程」考古試掘評估計畫》，張怡仲建築師事務所委託國立清華大學執行。

• 2016《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫（第三階段第三年）》，中央研究院歷史語言研究所。科技部補助專題研究計畫。（臧振華、李匡悌、邱鴻霖）

• 2015《馬祖亮島島尾遺址群綜合研究計畫研究報告書》，連江縣政府委託國立清華大學人類學研究執行。專書規劃中（邱鴻霖、陳仲玉、游鎮烽）
• 2015〈宜蘭縣礁溪鄉大竹圍遺址出土墓葬與人骨分析〉，報告書編印中。宜蘭縣政府文化局委託臺灣大學人類學系陳有貝執行。（邱鴻霖、詹凱雁共著）。
• 2015《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫（第三階段第二年）》，中央研究院歷史語言研究所。科技部補助專題研究計畫。（臧振華、李匡悌、邱鴻霖）
• 2015〈出土墓葬人骨分析〉。《原西自助新村(鳳山縣舊城西門段城內空間) 考古試掘及研究計畫》附錄，打里摺文化協會執行。（邱鴻霖、鄭雅勻、黃映琁、邱博楷、尤筱薇）。
• 2015〈高雄左營舊城考古試掘出土漢人墓葬人骨分析〉。《高雄市左營舊城考古試掘計畫期末報告書》中之專章，報告書編輯中，打里摺文化協會執行。（邱鴻霖、鄭雅勻、黃映琁、邱博楷、尤筱薇共著）。
• 2015《市定古蹟原南海學園科教館修復再利用工程考古調查鑽探暨施工考古監看報告》。國立台灣工藝研究發展中心主辦，慶霖營造有限公司委託國立清華大學。
• 2014《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫（第三階段第一年）》，中央研究院歷史語言研究所。科技部補助專題研究計畫。（臧振華、李匡悌、邱鴻霖）
• 2014〈基隆市和平島遺址出土人骨簡報〉，中央研究案歷史語言研究所臧振華等執行研究計劃。（邱鴻霖、鄭雅勻）。
• 2014《古笨港遺址出土文物整理、修護研究計畫》，雲林縣政府出版。(盧泰康、 王竹平、邱鴻霖)
• 2014《國立台灣大學校總區之教學大樓2期等七件新建工程環境影響評估後續作業委託技術服務案─考古試掘報告》。(邱鴻霖、陳有貝)
• 2014《南科考古館灣港遺址、牛尿港遺址人骨入庫典藏清理計畫》。國立臺灣史前文化博物館委託。(邱鴻霖、李匡悌)
• 2013《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫（第二階段第三年）》，中央研究院歷史語言研究所。國家科學委員會補助專題研究計畫。（臧振華、李匡悌、邱鴻霖）
• 2012《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫（第二階段第二年）》，中央研究院歷史語言研究所。國家科學委員會補助專題研究計畫。（臧振華、李匡悌、邱鴻霖）
• 2012《運用人骨鍶同位素分析臺灣鐵器時代蔦松文化的人群移動與社會組織》。國科會研究計畫報告。已投稿期刊。
• 2012《馬祖亮島島尾遺址第一期研究期末報告書》，連江縣政府委託。（陳仲玉、邱鴻霖、游貴香、潘建國、尹意智、林芳儀）。已收入專書。
• 2012《馬祖亮島島尾考古遺址出土墓整清整工作報告暨評估建議書》，連江縣政府委託。
• 2012《雲林縣古笨港遺址範圍與文化內涵先期研究計畫》，雲林縣政府委託。(盧泰康、邱鴻霖共著，擔任：共同主持人)
• 2011《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫(第二階段第一年)》，中央研究院歷史語言研究所。國家科學委員會補助專題研究計畫。(臧振華、李匡悌、邱鴻霖)
• 2011《南科史前文化住民面部復原研究計畫結案報告》，國立台灣史前文化博物館委託台灣人類學與民族學學會。(臧振華、李匡悌、邱鴻霖、李志文)
• 2010《臺南科學工業園區出土考古遺存整理分析計畫(第一階段第三年)》，中央研究院歷史語言研究所。國家科學委員會補助專題研究計畫。(臧振華、李匡悌、朱正宜、邱鴻霖)
• 2009《台南科學工業園區南關里東文化遺址出土人骨研究案報告書》，國立台灣史前文化博物館委託慈際大學人類發展學系。(陳叔卓、邱鴻霖)
• 2009《國立臺灣史前文化博物館南科史前文化住民歷史暨生活方式復原與變遷展示內容研究計畫報告書》，國立台灣史前文化博物館委託中央究院歷史語言研究所。(李匡悌、邱鴻霖)
• 2008「大分市・横尾遺跡93次調査出土人骨について」、日本・大分県日田市埋蔵文化財調査報告書。(邱鴻霖、田中良之)
• 2008〈仙人台遺址出土人骨〉、《海岱地區早期農業和人類學研究》pp235-243,圖版31-32，北京：科學出版社。(田中良之、任相宏、舟橋京子、邱鴻霖)2007大友府内跡20次C調査の万寿寺堀埋土内の出土人骨について．豊後府 内７。中世大友府内町跡第20次調査区。大分県教育庁埋蔵文化財セン
• 2007「長者原Ⅱ遺跡」出土人骨分析。日本・大分県日田市埋蔵文化財調査報告書第78集page 30～41、日田市教育委員会。(邱鴻霖、渡部芳久、岩下芙沙、舟橋京子、田中良之)
• 2007「福岡県三池郡高田町竹飯・犬ノ馬場遺跡及び今福貝塚遺跡出土人骨について」竹飯地区遺跡:竹飯堺遺跡 竹飯犬ノ馬場遺跡:県営畑地帯担い手支援事業に係る埋蔵文化財調査報告書、page41～46。高田町文化財調査報告書、第10集高 田町教育員会。(邱鴻霖、田中良之)
• 2006「中川原遺跡」、出土人骨分析。日本・大分県日田市埋蔵文化財調査報告書第72集。page 11～18、日田市教育委員会。(城門義廣、石田智子、山根謙二、鈴木克、邱鴻霖、舟橋京子、田中良之)
• 2005《台南縣南科國小北側坐駕排水滯洪工程文化遺跡搶救發掘計畫報告書》台南縣政府委託台灣大學執行。(陳有貝、邱鴻霖)
• 2002《國立清華大學仙宮新校區無主孤墳遷移工程監看報告書》，清華大學內部資料(未公開)。
• 2002《宜蘭縣礁溪鄉淇武蘭遺址搶救發掘始末簡報》，宜蘭縣政府委託台灣大學系執行。(陳有貝、邱水金、李子寧、王美玉、邱鴻霖、李貞瑩、何佳玲)
• 2000《墾丁國家公園史前文化遺址現況調查及地理資訊系統GIS檔案建立》，內政部營建署委託中央研究院，保育研究報告第106號。(李匡悌、邱鴻霖、 潘怡仲)
• 2000《台閩地區考古遺址普查計畫第五期》，內政部營建署委託中央研究院歷史語言研究所執行。(李匡悌、周必雄、邱鴻霖、潘怡仲)

• 2006《考古學家的密碼特展專輯》，台北縣立十三行博物館出版。
• 2004〈台南縣南科國小遺址發掘紀要〉，《台灣考古工作會報集刊》。中央研究院人文社會科學研究中心。(陳有貝、邱鴻霖共著)
• 2003〈義大利─龐貝(Pompeii)遺址考古發掘記略〉，《人類與文化》35、36期，page196-207；國立台灣大學人類學系學會。
• 2003〈淇武蘭遺址與出土瓷器〉，《文化視窗月刊》第57期，page 40-45，行政院文化建設委員會編印。

• 2012《日本民俗文化誌》，專書翻譯(與李作婷共譯)，共480頁，國分直一著，安溪遊地、陳有貝編輯，國立台灣大學圖書館出版(與李作婷共譯)。
• 2011《日本民俗文化誌》，專書翻譯，共480頁，國分直一著，安溪遊地、陳有貝編輯，國立台灣大學圖書館出版。(邱鴻霖、李作婷共譯)。
• 2008 International conference of Archaeology around greater Taiwan area and annual meeting of Taiwan Archaeology. 後藤雅彦「沖縄考古学の現状と台湾との接点」論文翻譯，刊於《考古人類學刊》第68期。
• 2007 Workshop & International Conference 2007 “Data and Interpretation: on Contemporary Understanding of Anthropological Knowledge”, Taiwan, Taipei .加藤博文“Transformed Value and Function: Indigenous Archaeology in Hokkaido”論文翻譯。

• 2020《遠空 – 國分直一的人與學問》，日本福岡，海鳥社出版。中文譯註本，洽談中。
• 2020  創設「臺灣考古」Facebook粉絲專頁，撰寫編輯管理者。連結如下：https://www.facebook.com/TaiwanArchaeology/?ref=bookmarks

• 2020〈為「大船講座」暖身：人社院蘭嶼拼板舟的整修維護〉，國立清華大學《人文社會學院簡訊》第四二九期。

• 2018〈穿越時空遇見你/妳 ─ 南科的墓葬與人骨考古〉，JOY愛十三行，電子刊物。新北市立十三行博物館。（邱鴻霖、詹凱雁）

• 2018〈人類文明的考証、詮釋與未來啟示錄〉，《人類文明的黎明與黃昏》專書導讀文。八旗文化出版。

• 2014《人種源始：追尋人類起源的漫漫長路》作者：Ian Tattersall。出版社邀請撰寫專書推薦小短文，貓頭鷹出版社。

• 2014《考古學家的密碼特展專輯》文字編寫，台北縣立十三行博物館出版。

• 2012〈台灣考古的倫理學與問題癥兆〉，《人類學視界11》。台灣人類學與民族學學會出版。
• 2006《考古學家的密碼特展專輯》文字編寫，台北縣立十三行博物館出版。
• 2004〈台南縣南科國小遺址發掘紀要〉，《台灣考古學工作會報集刊》。中央研究院人文社會科學研究中心。(與陳有貝共著)
• 2003〈義大利─龐貝(Pompeii)遺址考古發掘記略〉《人類與文化》35、36期，196-207頁；國立台灣大學人類學系學會。
• 2003〈淇武蘭遺址與出土瓷器〉《文化視窗》月刊，第57期，40-45頁，行政院文化建設委員會編印。